Вирус, вызывающий COVID-19, вероятно, получил общего предка с коронавирусами летучих мышей совсем не так давно, как предполагали учёные. Найти же прямого предка SARS-CoV-2 сейчас маловероятно, сообщает журнал Nature.

Полные геномы SARS-CoV-2 и нескольких близкородственных коронавирусов летучих мышей позволяют предположить, что несколько десятилетий назад у них был общий предок. Но известно, что вирусы обмениваются фрагментами РНК друг с другом, этот процесс называется рекомбинацией, поэтому каждый участок имеет свою собственную эволюционную историю.

В последнем анализе, представленном на VII Всемирном конгрессе One Health в Сингапуре, учёные сравнили фрагменты геномов коронавируса. Анализ показывает, что некоторые части коронавирусов летучих мышей и SARS-CoV-2 имели общего предка ещё в 2016 году. Это открытие сужает промежуток времени между предком SARS-CoV-2, возникшим у летучих мышей, и вирусом, передающимся людям, говорят исследователи. Однако это не объясняет, как ближайший предок SARS-CoV-2 совершил этот скачок — извечная загадка пандемии, в которой, по мнению многих ученых, вероятно, участвовало промежуточное животное.

Исследование подчёркивает, насколько сложно будет найти прямого предка SARS-CoV-2 у летучих мышей, учитывая, как часто происходит рекомбинация коронавирусов и сколько времени прошло. Шансы найти прямого предка «почти нулевые», говорит Эдвард Холмс, вирусолог-эволюционист из Сиднейского университета в Австралии. Прямой предок SARS-CoV-2, вероятно, образовался из нескольких вирусов и с тех пор рекомбинирует и мутирует у летучих мышей, говорит Джоэл Вертхейм, молекулярный эпидемиолог из Калифорнийского университета в Сан-Диего, который участвовал в последнем анализе. По его словам, взятие проб у летучих мышей могло бы идентифицировать вирусные фрагменты, но, вероятно, это не выявит одного прямого предка.

На сегодняшний день от летучих мышей и панголинов выделено более дюжины вирусов, тесно связанных с SARS-CoV-2. Чтобы определить их связь с SARS-CoV-2, исследователи часто сравнивают их полные геномы, длина которых составляет около 30 000 нуклеотидов. Используя этот метод, они обнаружили, что ближайшими известными родственниками SARS-CoV-2 являются обнаруженный в Лаосе вирус летучих мышей под названием BANAL-52, чей геном на 96,8 % идентичен геному SARS-CoV-2, и вирус под названием RaTG13 из китайской провинции Юньнань, который имеет 96,1 % совпадений. Разница в 3-4 % между их геномами и геномами SARS-CoV-2 предполагает, что прошло около 40–70 лет эволюции с тех пор, как у этих вирусов был общий предок.