Среду обитания (экологическую нишу микроорганизма) определяет сочетание таких факторов окружающей среды, как температура, влажность и содержание питательных веществ. Но точный вклад каждого из этих факторов трудно предсказать.

Немецко-голландская исследовательская группа дала новое определение микробным нишам, определив, какие микроорганизмы живут вместе. Во главе с профессором Басом Э. Дутилхом из Университета Йены и Утрехтского университета исследователи представили этот подход "широты социальной ниши" в журнале Nature Ecology & Evolution и использовали его для составления первой "Карты микровселенной", сообщает Phys.org.

Будь то горячие источники, кишечник человека или морские глубины - микроорганизмы колонизируют почти все места на Земле, иногда в экстремальных условиях. В зависимости от того, как эти организмы приспособились к конкретным условиям окружающей среды в таких экологических нишах, экологи классифицируют их как "генералистов" или "специалистов". В то время как генералисты могут справиться с широким спектром условий окружающей среды, специалисты растут только в очень специфических условиях.

"Ключевой вопрос для изучения таких различных микробных стратегий - как определить экологические ниши микроорганизмов. До сих пор это делалось в основном на основе субъективных параметров окружающей среды, которые вряд ли позволяют непредвзято оценить нишу", - говорит профессор, доктор Бас Э. Дутилх.

Поэтому биоинформатик из кластера передового опыта "Баланс микровселенной" Йенского университета совместно с исследователями из Утрехтского университета использовал новый метод описания микробных ниш, основанный на данных, в котором решающим фактором окружающей среды считается само сообщество видов, а не внешние условия среды обитания. Это работает потому, что микробные сообщества быстро адаптируются к окружающей среде, поэтому их состав отражает сумму всех факторов окружающей среды.