Ученые создали новый вычислительный инструмент, который определяет цели для иммунотерапии рака

Модификация химерных антигенных рецепторов Т-клеток (CAR-T) и Т-клеточных рецепторов Т-клеток (TCR-T) позволяет использовать собственные Т-клетки пациента для атаки на известные антигены на поверхности раковых клеток и достигать долгосрочных реакций на рак, которые ранее считались неизлечимыми.

Однако, в области лечения твердых опухолей возникли проблемы, связанные с ограниченным числом известных и подходящих мишеней для этих видов рака. Поэтому становится ясной необходимость в новых подходах, способных расширить спектр мишеней для иммунотерапии рака. Информация об этом размещена в журнале Medical Xpress.

Исследователи разработали вычислительную платформу под названием "Изоформные пептиды из сплайсинга РНК для скрининга мишеней иммунотерапии" (IRIS), которая позволяет обнаруживать опухолевые антигены, образующиеся в результате альтернативного сплайсинга РНК. Альтернативный сплайсинг - это процесс, при котором один ген может порождать различные варианты продуктов гена путем комбинирования и соединения РНК-фрагментов перед их превращением в белки.

В раковых клетках процесс сплайсинга часто нарушается, и они используют его для производства белков, способствующих их росту и выживанию. Это позволяет раковым клеткам неконтролируемо размножаться и распространяться. Исследователи предположили, что дисрегуляция сплайсинга может приводить к образованию новых опухолевых антигенов, которые могут быть использованы в иммунотерапии.

IRIS использует масштабные данные о секвенировании опухолей и нормальных РНК, а также несколько подходов к скринингу, чтобы обнаружить опухолевые антигены, возникающие в результате альтернативного сплайсинга. Путем интеграции данных секвенирования РНК и масс-спектрометрии протеомики исследователи обнаружили, что сотни предсказанных мишеней IRIS TCR соответствуют антигенам HLA (антигены лейкоцитов человека), которые представляют антигены для Т-клеток в иммунной системе человека.